Søren Abildtrup har en uddannelse som Cand.scient.adm. fra Roskilde Universitetscenter i 1995. Han indledte sin kommunale karriere i Hørsholm Kommune som fuldmægtig i Børn & Kultur.
Siden fortsatte karrieren i en stilling som souschef i et bydelsforsøg i Københavns Kommune, hvorefter han blev økonomichef i Stenløse Kommune
I 2005 gik turen til Læsø Kommune, hvor han frem til 2014 var kommunaldirektør. Efter seks år som chef for byrådssekretariatet i Esbjerg Kommune blev han sekretariatschef med ansvar for ledelse, jura og kommunikation i Kalundborg Kommune, inden han i oktober 2021 tiltrådte som kommunaldirektør i Fanø Kommune.
I Fanø Kommune har han haft rig mulighed for at gøre brug af sin brede kommunale erfaring og sine kompetencer i de mange forskelligartede opgaver, projekter og udfordringer, han er involveret i og kan opleve i en lille ø-kommune.
Søren Abildtrup er gift med Marianne. Parret, som er bosat på Fanø, har to voksne døtre og tre børnebørn.
Roning og golf er to af Søren Abildtrups store hobbyer, som han og hustruen har engageret sig flittigt i, uanset hvor karrieren har bragt dem hen i landet. Derudover bruger parret også en stor del af fritiden i sommerhuset ved Roskilde Fjord tæt på store dele af familien og hjemegnen ved Frederiksværk.
Søren Abildtrup blev i weekenden fejret i privat regi på Skævinge Kro, mens medarbejderne ved Fanø Kommune fejrede ham med fødselsdagsmorgenmad på selve dagen.