Den Trilaterale Vadehavs konference samler ministrene med ansvar for Vadehavets anliggender fra de tre lande hvert tredje år. På konferencen diskuteres spørgsmål vedrørende Vadehavet, og meningen er at den skal give et fælles politisk retning, harmonisering og beslutningstagning mellem de tre regeringer.
Den trilaterale Vadehavsbestyrelse er det styrende organ for samarbejdsaftalen. Den kører og fører tilsyn med arbejdet omkring samarbejdsaftalen mellem de ministerielle rådsmøder. Bestyrelsen forbereder, vedtager og gennemfører strategien for arbejdet med samarbejdsaftalen. Bestyreslen udnævner arbejdsgrupper til at udarbejde og gennemføre specifikke opgaver, planer og projekter.
Bestyrelsen ledes af en embedsmand, udpeget af Rådet. Stolen roterer mellem landene. Der er fire medlemmer udpeget pr land og fire rådgivere med ekspertise og erfaring indenfor relevante områder.
Samarbejdsrådet har flere ekspertgrupper til at udføre specifik overvågning og videnskabelige opgaver såsom fugle og sæler overvågning, strandenge og klitter.
Danmark er repræsenteret ved
- Peter Ilsøe, vicedirektør i Naturstyrelsen, Ansvarlig for Naturfovaltning, Arealdrift, friluftsliv og partnerskaber
- Bent Rasmussen, Skovrider Skovdistrikt Vadehavet
- Janne Liburd, professor i turisme på Syddansk Universitet, centerleder for Center for Turisme, Innovation og Kultur samt formand for Nationalpark Vadehavet, professor i turisme på Syddansk Universitet. Derudover er hun centerleder for Center for Turisme, Innovation og Kultur.